桂永清任海军副总司令不久，又被任命代理海军总司令。1946年，桂永清被正式任命为海军总司令。他上任后，就大力整顿海军，首先是选拔一批中年海军军官去英、美培训，作为舰长或艇长的人选；另选派一批年轻海军军官分赴英、美学习，以作基干力量。其次是从陆军中的老部下中，选调一批人进入海军，作为陆地基干力量。同时，他还扩建海军修理厂、造船厂等。这时，国民党海军已有巡洋舰3艘、驱逐舰5艘、炮舰10多艘及登陆艇几十艘。
　　1948年10月30日，桂永清率几只登陆艇和一艘商船去东北营口接刘玉章的第五十二军撤退，由于营口周围解放军已发起攻击，五十二军边打边退，一直退到海边，才仓促登船，仅有五十二军军部及二十五师大部从海上逃脱。不久，中共宣布了国民党43名战犯，桂永清是其中之一。
　　1949年1月，解放军发起渡江战役前夕，桂永清调动了130艘舰艇，配合汤恩伯集团和白崇禧集团担任长江防务。桂永清在一次江防会议上说：“危难看忠臣。我们海军在-危难之际，一定要挺身而出，不顾生死，共赴国难。我们海军决不投降！即使军舰打完了，江防海防也都完了，剩下我桂永清一个人，死也不投降！我要坐在‘重庆’号上，从上海打到宜昌，再从宜昌打到上海，我们海军决不投降！”但令他没想到的是，“重庆”号突然起义了！
　　“重庆”号军舰是国民党海军主力舰之一，舰长是邓兆祥。二月20日，邓兆祥接到命令，要“重庆”号开往江阴一带布防，任务是：“用炮火-江阴江面，防止 在江阴渡江……”当天晚上，“重庆”号停泊在吴淞口外，在地下党的策动下，邓兆祥利用这个时机宣布起义，率军舰驶入茫茫的大海，奔向解放区。当蒋介石听到“重庆”号起义的消息后，气得浑身发抖，他大骂桂永清无能，下令一定要炸沉这艘军舰。但是，空军派出多架飞机都没有找到“重庆”号的足迹。这时，桂永清急得如同热锅上的蚂蚁，无奈之下，他召集各舰舰长开会，商谈寻找办法。
　　会上，桂永清先是对邓兆祥一顿痛骂，说邓兆祥率舰投共，对不起领袖。然后让大家出主意，寻找“重庆”号的踪迹。大家都很沮丧，谁也不知“重庆”号在哪。最后，桂永清说：“大家既然没什么主意，就都回去吧！‘重庆’号我们一定能找到炸沉！”这时，一位上了年纪的舰长激动地说：“桂总司令可不能炸呀，那可都是你的老部下呀！”说罢大哭。桂永清沉痛地说：“这是领袖的意思，我们海军同人当然不希望这样做。”
　　两天后，消息传来，空军在东北葫芦岛附近发现了“重庆”号，并很快将其炸沉，但邓兆祥等274名起义官兵全部安全转移，这支起义队伍于三月29日上午飞抵沈阳，受到解放区军民的热情招待。同时，毛主席、朱德总司令也都给起义部队发去了贺电。
　　随后，蒋介石对蒋经国说：“问问桂永清，‘峨嵋’号、‘太平’号大大小小舰艇，有没有万全之策？”桂永清报告说，其他的船一条都不会过去了，已经牢牢看住。不料，1949年4月23日，第二舰队司令林遵率领25艘舰艇又宣布起义，投向解放军。同时，镇江方面也有27艘军舰向解放军投降。本来，桂永清所辖的海军舰艇就不多，接二连三的起义和投降，使桂永清变成了一个光杆司令。
　　对于海军一连串的起义和投诚，蒋介石大骂桂永清是“败家子”、“蠢才”。国民党一些“-”也对他提出弹劾，要求将他交付“军事法庭审判”。但此时国民党政权已是摇摇欲坠，无人问津。桂永清以“巡视督战”为由，也去了台湾。起初他不敢去见蒋介石，而是先向陈诚哭诉，之后由陈诚带着去见蒋介石，最终他的事也就不了了之。
　　1952年4月，桂永清辞去海军总司令职务，被蒋介石任命为“-”参军长，并晋升为二级上将。两年后，他在陈诚的支持下，再升一级，被任命为参谋总长，授一级上将。但他上任不足两个月，便因病去世，这一年他54岁。
　　台湾出版有《海军上将桂永清先生传》、《桂永清先生纪念集》等。曾写《领袖歌》歌词：大哉中华，代出贤能！历经变乱，均能复兴！ 中正，今日救星；我们跟他前进，前进！复兴，复兴！ 人物介绍

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