当年12月，光泽苏区被国民党军占领。1934年4月，闽北分区委决定在建阳黄坑建立中共光泽中心县委，以恢复光泽的革命根据地。吴先喜调任为中共光泽中心县委书记兼西南独立团政委。6月他带领独立团400多人，包括挨丝炮队和光泽原苏区干部蔡诗珊等4人，进军光泽北区。当部队到达霞阳时，光泽实力最大的民团黄树藩部闻风而逃。先喜率领部队乘机出击，先后消灭司前的大刀会1000多人和长庭的大刀会80多人，并处死几个顽固的头目。在取得这些重大胜利的基础上，中共扫帚尾、高家、茶陂3个区委相继建立。从此，光泽北区的革命烈火又重新燃烧起来。
　　同年10月，中央红军开始长征，北上抗日先遣队也离开赣东北，开赴皖南前线。12月国民党纠集中央军5个师、1个旅和闽赣两省部分地方保安团的兵力共10万余人，乘机围攻闽北革命根据地，而这时闽北红军只有5000人左右，形势十分严峻。1935年1月25日，国民党派两个师的兵力南北夹击闽北苏区首府崇安县的大安，闽北分区委机关和红军-转移。2月12日闽北红军在崇安的村头进行整编，组建成闽北独立师，分4个团，由黄立贵任师长。14日独立师4个团分头打出外线，开辟游击根据地，分区委机关仅带一个教导队80余人相机行动。当分区委机关转战到铅山县的东坑时，不料敌人已尾追到篁村，相距仅15华里。在这个危急时刻，闽北军分区司令员李德胜竟乘机只身叛变投敌。黄道发现情况后，连夜率领分区委机关和教导队向桐木关转移。拂晓，机关和教导队刚到达桐木关，不料李德胜又带着一个团的敌人紧紧尾追而来。当机关和教导队再次转移到三港时，幸好碰上在此地开展活动的吴先喜率领的独立师第四团。两军会师后，吴先喜率部抢先占据有利地形，当敌人追至三港时，他奋勇指挥部队，集中火力重创来追之敌，确保分委机关和黄道等领导的安全。3月初，先喜被任命为闽北军分区司令员。在这极端困难的时刻，他勇于挑起指挥部队坚持三年游击战争的重担。
　　为打击敌人的嚣张气焰，提高红军的军威，吴先喜千方百计寻找打击敌人的有利时机。当年5月他得悉苏区边境重镇上饶县甘溪镇的守敌只有3个连，重兵器只有几挺机 ，兵力比较薄弱，于是亲自带领独立师二、四两个团共干余人，采取以少数兵力诱敌出洞，然后以优势兵力伏击来追之敌的战术；击毙敌军数十人，俘敌80余人，缴获机 1挺、 几十支，而红军无一伤亡，打了一个威震闽赣边境的大胜仗。甘溪战斗的胜利，使敌人闻风丧胆。
　　同年8月，根据黄龙岩扩大会议精神，闽北分区委决定派吴先喜与邵武独立团政委刘文学一起带领部队300余人，进入江西的资溪、光泽、贵溪三县交界的地带，开辟资光贵革命根据地，在光泽柴家建立起中共资光贵区委，由刘文学任区委书记。吴先喜在协助刘文学稳定局势，开展工作后，仍率部回到闽北分区委机关与黄道一起共同战斗。刘文学带领80多个精练的干部和战士单独留在根据地坚持革命斗争，后区委发展为中心区委。由于敌人的“围剿”与-，他们与闽北领导机关曾一度中断联系。
　　1936年4月闽北闽东两个根据地的联系打通后，叶飞和黄立贵商定召开闽东闽北两个地区的联席会议，研究两个根据地联合统一的问题。吴先喜率部护送黄道前往政和参加具有重大历史意义的洞宫山会议。会议决定：两个根据地合并，成立中共闽赣省委，黄道任省委书记，吴先喜为省委常委。同时商定成立闽赣省军区，叶飞任省军区司令员，吴先喜任省军区副政委兼闽北独立师政委、独立师第四纵队(团)司令员和政委。同年6月，黄道从政和洞宫山回到崇安岚谷以后，从敌人的报纸上发现刘文学仍率部在资光贵地区坚持斗争，便派吴先喜和闽北独立师第四纵队政治部主任鲍永泉率部200多人前往资光贵地区设法与刘文学取得联系。通过地下交通站的活动，他们终于在贵溪的闵坑会师。两军会师后，根据闽赣省委指示，成立闽赣抚东军分区，吴先喜任司令员兼政委，刘文学任副司令员，鲍永泉任政治部主任。同时决定撤销资光贵中心区委，成立中共资光贵中心县委，吴先喜任书记，刘文学任副书记。在吴先喜的领导下，部队采取分散与集中相结合的办法，主动出击外线，深入敌占区，相机打击敌人。有一次他带领部队到光泽火烧关活动，敌人跟踪追来，他指挥部队在山头准备好大量石块，等敌人冲上山来，让石块从山头滚滚而下，砸毙敌军100多人，红军不费一 一弹，打了个大胜仗。

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