吴亚终的失败并不意味着天地会反清力量的最后消失。不久，吴亚终余部又聚集到他的旧部黄崇英周围，达三四万人之众，号称“黄旗军”。1871年，冯子材二次出关，进攻黄旗军根据地河阳。冯子材探听到刘永福与黄崇英为争夺保胜发生冲突，就派杨瑞山，冯月亮去见刘永福，送去五品蓝翎和功牌，请黑旗军助战。刘永福立刻答应了他的要求。一个月以后，清军、黑旗军和越南军队联合攻破河阳，黄崇英兵败远走。冯子材因为部下水土不服，非战斗减员严重，将河阳交给越南三圻地方长官，部队陆续退回龙州。
　　1878年（光绪四年）9月，冯子材旧部、卸任广西浔州副将，记名总兵李扬才在广东炅山造反，纠众万余啸聚越南。越王派军队联合刘永福黑旗军向李扬才部进攻，同时请求清军协助“会剿”。12月，冯予材三度出关，以清、越军20余营的优厚兵力，加上黑旗军三面夹击，在龙登山击败李部，并将其俘获。
　　1881年，冯子材回到广西提督任上。但这时境遇已非昔日可比。当政权要刘坤一对他排挤打击，广西巡抚徐延旭也因为他曾经-过自己，上任伊始，就把冯的侄子冯兆金撤职斥退，向他-。这位65岁的老将，终于怀着“为有老罴卧当道，肯教牧马渡临洮”的愤戚心情解甲归乡。但是，他的家乡钦州毗邻越南，法国侵略军步步进逼，窥视祖国南疆的消息不断传入他的耳中，也容不得这位“御外性至强的沙场老将。骑驴长啸返江乡，闲看时贤补时局”。他忧心国事，多次派人深入越境，探听法人虚实。
　　镇南大败法军
　　1883年12月，法国侵略军悍然向驻扎在北圻的中-队发起进攻，中法战争正式开始。1884年3月，北宁失守，前线指挥官、广西提督黄桂兰畏罪 。清0手忙脚乱，匆匆调兵遣将之余，才想起这位熟悉边情的老将。最初李鸿章认为他年老血衰，不是法军对手，只给了他一个督办高、雷，廉，琼4府25州县团练的名义。冯子材在一无实权，二无饷源的情况下，几个月间，成立了9个州县的团练，其中他亲自挑选和训练的500名钦州练勇成为日后“萃军”的骨干。
　　同年5月，张之洞署理两广总督。冯子材主动-，要求统率1.5万军队，从钦州进入越南东北的广安，海阳，开辟陆路第三战场。张之洞很欣赏这个建议，同意他编成18营军队，准备开赴越南作战。
　　冯子材整装出发之际，抗法前线的形势陡然恶化。1885年1月底，法军主力7000余人在船头一带向广西边境大举进军。2月13日，法军占领战略要地谅山。23日，守卫文渊的清军将领杨玉科中炮牺牲，部下溃散。法军乘势侵占镇南关，前锋深入我国境内10公里。25日，法军由于兵力不足，补给困难，炸毁镇南关城墙及附近工事，退回文渊，还在关址废墟上立一木牌，-：“广西的门户已不再存在了”。
　　镇南关大捷
　　就在这个时候，冯子材率军赶到前线，毅然担负起保卫祖国西南边疆的重任。行前，他祭别祖先，嘱托家人：万一军有不利，百粤就非我所有，要带家眷、奉香火驰归江南祖籍，永为中国民，免得受外人奴役。他还把两个儿子带在身边，准备万一战死沙场，好料理后事。当时前线清军的状况也确实不容乐观。法军攻占镇南关的当天，前敌总指挥潘鼎新一口气逃到距镇南关百里之遥的海村，放弃了指挥责任，其他各路将领又龃龉频生，不服调度，散兵游勇四处劫掠，老幼难民蔽江而下，关内震动。冯子材以七旬高龄，素孚众望，召集各路将领开会，劝告大家消除派系成见，以国事为重，同心协力保卫国家。在会上他被众将公推担任前敌主帅。
　　2月25日，冯军进驻凭祥，预备与法军决一胜负。尽管法国侵略军势焰正张，但不难看出他们面临许多困难：远离后方补给基地，失去了游弋于江河中的炮艇火力的支援，兵办也很薄弱，能战之兵只有四五千人。而清军这时已集结了包括大批生力军在、内的部队2万余人，背靠后方补给基地——龙州，士气日渐高昂。冯子材分析了敌我双方情况，又亲临前线，遍勘从板山到幕府的各处山隘，最后确定以镇南关北8里的关前隘作为预设战场。关前隘是一个两面有高山屏障，地势、地形由北向南倾斜、收缩的山谷。冯子材命令部队在东西两岭之间构筑一道3里多长的土石长墙，高约7尺，宽约4尺，墙外挖掘4尺宽的深堑，并在东西岭上修筑堡垒多座，构成一个较完整的山地防御体系。在兵力配置上，冯子材把士气高、战斗力强的“萃军”和“勤军”放在主阵地上，又在左、右两翼派了较强的兵力防止法军迂回龙州，最后以强大的预备队驻幕府、凭祥，随时准备投入-。到这时，冯子材才放心地说，“我可以立于不败之地了！”

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