不过这同样留下了一个阴影：它导致学生运动如此偏激，以至温和主义者埃米尔·共伯尔离开了海德堡大学。海德堡在这一时期的学术形象是由哲学系和法学系来代表的。不过鲁道夫·冯·科雷尔也以其全面医学的理念开创了新的道路。物理学家菲利普·莱纳德作为国家社会主义的支持者也在此影响了多年。

纳粹德国时期

纳粹德国的建立导致海德堡大学因政治和种族原因驱逐了一大批教师和学生。许多人流亡于外，两名教授成为了恐怖主义的直接牺牲品。大学本身的许多人都参与了在大学广场上发生的1933年德国焚书运动。受到政权追随者的影响，海德堡大学的“献身于鲜活的时代精神”不幸变成了“德意志精神”。许多人包括一些教授也加入了这一口号的追随者的行列。

联邦共和国时期

二战结束时，大学已遭到极大的破坏，亟须注入新的精神理念。在卡尔·雅斯佩斯的带领下，海德堡大学制定了新的章程，规定大学有义务“服务于真理、公平及人文主义的活的精神”。重建后的大学校园布局是：自然科学与部分医学科系位于Neuenheimer Feld的新校区，而人文社会科学院系则仍然保有位于老城的校园。

这些改革改变了迄今为止的大学结构。大学自成立以来一直由四大院系（神学、法学、哲学、医学）组成，直至1890年增加了自然科学作为第五个科系。而1969年大学划分为16个院系。学生数量也持续增加：在1986年(600年校庆时)海德堡大学有27000名在册大学生。大学生群体是海德堡这个小城令人瞩目的一族。

海德堡拥有众多外国人口的传统也在战后得以保持。尽管人数众多，海德堡大学一直将教学与研究的统一视为己任。

九十年代以来

过去十几年，海德堡大学通过一系列科研方面的校际交流合作，在医学、神经生命科学、物理学、数学与信息学、法学与大众经济学等学科取得了良好的声誉。作为第一所德国大学，海德堡大学在海外如埃及、智利与美国马萨诸塞等地建立了分校，以拓展学校的知名度。

今日现状

今天，海德堡大学的自然科学、体育科学及大部分医学科系均坐落在Neuenheimer Feld的新校区，而人文社会科学的院系如法学院及校长办公室和大学管理楼则位于海德堡的老城区。大学的其它一些机构散落在海德堡的市区及周边地区。

院系构成

如今的鲁普莱希特-卡尔斯-海德堡大学拥有12个科系，是一所在人文、社会、自然、生命等科学领域全面发展的综合性教学与研究机构：

神学院、法学院、经济学与社会学系、哲学系、新语文学系、行为科学及实验文化科学系、数学及信息学系、物理学及天文学系、化学及地质科学系、生物科学系、海德堡医学院、曼海姆医学院。

科研机构

生物化学中心 (BZH)

神经科学跨学科中心 (IZN)

跨学科科学计算中心 (IWR)

南亚研究所 (SAI)

笔译与口译研究所 (SÜD)

海德堡大学分子生物中心 (ZMBH)

德国癌症研究中心 (DKFZ)

欧洲分子生物实验室 (EMBL)

海德堡天文中心 (ZAH)

马克斯·普朗克天文研究所

马克斯·普朗克核物理研究所

马克斯·普朗克医药研究所

马克斯·普朗克外国公法及国际法研究所

海德堡大学德国癌症研究中心

著名华人

冯至：诗人、语言学家。

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