1852年7月，杨秀清率太平军围攻长沙。2个月后，因长沙久攻不下，领导集团内部对下一步战略行动产生分歧。杨秀清分析形势，提出进军江南的战略方针，得到了包括天王洪秀全在内的大多数领导人赞同。 这次战略方针的制订，将太平天国起义推向了全国范围。12月，杨秀清带领太平军从水陆两路进攻武昌、汉阳，次年1月攻占两地。1853年3月，杨秀清指挥太平军沿长江东下进抵南京，并于11日后将其攻占，至此，进军江南的计划完成。
　　定都天京
　　进驻南京后，杨秀清首先整顿营规，立法安民。待洪秀全抵达后，他与洪秀全商定，正式宣布改南京为天京，并定都于此，正式建立起与清王朝相对峙的太平天国农民革命政权。1853年5月，杨秀清由天京分派两路精兵，分别北伐京师和西征湘赣。 北伐军后因孤军深入，缺乏后援，于1855年在山东冯官屯全灭。而西征军前锋在1854年初曾抵达湘潭，遭遇曾国藩湘军后连遭重挫，从湘潭一路退守到湖口。关键时刻，杨秀清命翼王石达开前往增援，并于1854年底取得了湖口大捷，西征军借机重新攻占湖北、江西的广大地区。
　　1853年底，在太平军主力投入北伐和西征战场的时候，清军开始在天京 囤积兵力，构建江北、江南两座大营，并对天京发动不间断的进攻。为改善天京处境，杨秀清决定从西征战场抽调部队，摧毁两座大营。1856年2月，燕王秦日纲破江北大营。连月征战下，这支部队十分疲劳，破江北大营后秦日纲本想率兵回天京休整，但杨秀清考虑到江南大营势孤，应一鼓作气将其攻下，于是严令秦日纲继续进攻江南大营，即使陈玉成、李秀成申述也没能动摇他的决心。1856年6月，太平军攻破江南大营，威胁天京长达3年的江南、江北两座大营终被摧毁。
　　1856年太平军攻破江南大营后，杨秀清声望一时无两，集教权、政权、军权于一身的他实质上已经是太平天国的最高统治者 。
　　天京事变
　　自1853年建都天京后，杨秀清频繁使用代天父传旨的特权，其中大多是为了处理内部矛盾，排挤异己。 1856年8月，在指挥太平军攻破江南大营后，杨秀清以此大功为由，假借代天父传旨，要求洪秀全把他由“九千岁”加封为“万岁”。以此事为引，内官统领陈承瑢向洪秀全告密，说杨秀清要谋朝篡位。洪秀全得知后立刻派出密诏，让领兵在外的北王韦昌辉、翼王石达开等人返回天京诛杀杨秀清。
　　1856年9月2日，天京事变爆发，韦昌辉乘夜率三千兵众突袭东王府，杨秀清及其家属、部众几乎尽遭屠戮。
　　人物成就
　　政治
　　杨秀清自1851年起任太平天国正军师，总理国事。在他的管理下，太平天国高度中央集权，全国大小政务全部集权到中央政府，洪仁玕立法制宣谕中说：“即末秩微员，升降必由天廷转奏，片文双字，刊刻必自京内颁行”。
　　杨秀清严格维持秩序和执行纪律，据《太平天国的政治与宗教》记载：“一切人等，无有例外，各有派定的岗位与职责，而全体动作各按轨道，循规蹈距，如同钟表的机件”。
　　杨秀清择才用人，赏罚有度，《贼情汇纂》中记载：“其法至严，凡有失利取败，违令私财，重则立斩，轻者责降，不敢徇情，略无姑息。有功亦破格升迁，赏不逾时，而桀骜不驯之徒，遂群焉俯首，甘心服役，至身临矢石而不惴，膏涂草野而无悔矣”。
　　军事
　　杨秀清1851年开始主持军务，同年颁布了《太平军条规》，包括“定营规条十要”和“行营规矩”各十条。
　　1855年，杨秀清组织人员总结经验教训，制订并颁发了《行军总要》，要求部队遵循。《行军总要》对水陆部队的行军扎营、警戒巡逻、指挥集合、点名查夜等，都作了具体规定和要求。
　　人物评价
　　太平天国忠王李秀成在《李秀成自述》中对杨秀清评价说：“东王佐政事，事事严整，立法安民，民心佩服。”
　　清朝湘军采编所主持张德坚在《贼情集要》中评论杨秀清：“于行阵机宜，山川形势，颇能谙习。虽不读书，罔知兵法，然皆谲诈机警，逞其毒焰，竟能成燎原之势。”

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